派出的锦衣卫很快就抵达了西安，在西安见了孙传庭和洪承畴后，传达了朝廷的旨意，让他们移交高迎祥在内的几个义军首领押至京师。
黑水峪一战，高迎祥兵败被俘，之后明军并没有马上撤离，而是继续搜索峪内包括子午谷靠近黑水峪的一段，以不漏一人，务必仔细为上。
这正因为孙传庭的谨慎，高迎祥的一些躲藏起来的部下一个个全被找了出来，其中就包括高迎祥当时让先走的刘哲。
刘哲虽然提前一步离开，可当时孙传庭的部队已经开始发动进攻了，慌乱之下刘哲带着几人躲进了谷中，却没能走远，等到战后孙传庭继续封锁黑水峪进行搜索，刘哲和他的人在谷中东躲西藏了五日，因为所带着粮食全部吃完，无奈之下只能想办法解决补给，派人出去打猎充饥。
谁想刚一现身就被明军给发现了，最终刘哲和他的部下逃脱未果，除三人因反抗被当场格杀外，其余人包括刘哲在内全部被擒，从而落到了孙传庭的手里。
等把刘哲押送到西安，和高迎祥关到一起的时候，见到刘哲的高迎祥彻底绝望，就连刘哲都没逃过此难，其他人就更不用说了，高迎祥这一次是败得彻彻底底，再也不可能有翻身机会了。
在接到锦衣卫的传旨后，早就做好了准备的孙传庭和洪承畴把高迎祥包括刘哲、黄龙等义军首领打入牢车，派一队部下协助锦衣卫押解这些人入京。为了避免路上出现问题，防止这些人逃脱，洪承畴还让特意人直接用铁链串了高迎祥等人的琵琶骨，如此一来高迎祥别说逃了，锁在牢车里连动都动不了，而且从西安至京师这一路很是安全，也不担心会有大股流寇出现，锦衣卫没有片刻耽搁，交接了钦犯后当日就启程，朝着京师而去。
锦衣卫此来不仅是为了押解高迎祥等人入京，还带来了朱慎锥的密信，孙传庭和洪承畴分别看完了信后，两人脸色都露出了如释重负的神色，并多了几分笑容。
密信中主要提到三件事，第一件事就是对高迎祥部俘虏的安置问题，朱慎锥表示这些俘虏直接杀光影响太大，一旦朝中清流因此攻击，朱慎锥倒没什么，但孙传庭和洪承畴就成了众矢之的。
在朱慎锥心中，无论是孙传庭还是洪承畴，都是朝廷的能臣和重臣，他不希望他们在这种事上沾染污点，并受人攻击。所以杀俘此事作罢，但把这些人就地安置也是不妥，一来这些人本都是流寇，野性难改，安置地方是不稳定因素。二来这些人的安置朝廷一时间拿不出这么多钱粮来，何况在钱粮不足的情况下安置不确定的因素更无法掌控，也不是什么好办法。
朱慎锥让他们先在这些俘虏中进行删选，让俘虏各自指认，凡是俘虏中罪大恶极者，包括众头目等，全部挑选出来以国法处置，这样的做法没有任何问题，依照大明律杀人任何人挑不出毛病来。
等解决掉这些人，俘虏中不安分因素基本就消除了，那么接下来的这些俘虏直接派人押解到北方去。朱慎锥已做好了安排，这些俘虏全部出长城后交给土默特的蒙古人，由蒙古人接手，接下来就和他们没有任何关系了。
至于对外就说以俘虏充边，作为九边前线屯田安置即可。这个办法让孙传庭眼睛顿时一亮，而洪承畴更是拍案叫好，尤其在洪承畴的心中，这些人死不足惜，养着还浪费粮食呢，现在丢给蒙古人等于甩掉了这个包袱，甚至朱慎锥还在信中告诉他们，在和蒙古人交接这些俘虏的时候，蒙古人会送给他们一批牛羊包括战马，这些物资完全由孙传庭和洪承畴来安排，或用于充实军中，或用于恢复地方生产都可。
第二件事朱慎锥告诉孙传庭和洪承畴，虽高迎祥之患已解决，但流寇依旧还在，尤其是仅次于高迎祥的张献忠、罗汝才等依旧为祸地方，另外高迎祥还有一个外甥，在其部称为“闯将”，这人叫李自成，是高迎祥的继承人，这个人名气虽不如张献忠和罗汝才，可却不容小觑，必须加以重视。
高迎祥全军覆没，其本人被俘并非天下太平，只要天下还有一股流寇未平，隐患尚在。
朱慎锥希望他们能携手，联合陈奇瑜并左良玉、秦良玉、曹文诏等部继续围剿各支流寇，彻底解决大明的内患问题。此外朱慎锥已任命卢象升为河南巡抚，领天雄军南下，配合各部堵住流寇在中原的去路。
朱慎锥的提醒让孙传庭和洪承畴很是重视，尤其是朱慎锥在信中还说“宜将剩勇追穷寇，不可沽名学霸王。”这句话更是让他们深以为然。流寇一日不彻底剿灭，大明内部就一日不得太平，这天下也没办法安定下来。
这点孙传庭和洪承畴心里都很清楚，他们也很认可朱慎锥的这个决断，何况朱慎锥让他们用俘虏换取牛羊马匹的做法不仅帮他们甩掉了一个沉重的包袱，还能借用这些物资来增强军中包括地方的实力，更消除了自己物资不足的问题，从而让两人很是高兴。
至于第三件事，就是密折制度，朱慎锥让锦衣卫给他们两人带来了各三个精美的盒子，这盒子不大，扁扁的，里面的体积只能容下一本奏折，但这个盒子正面有着专门的印章，上面加盖着监国的信印。
以后凡是要紧军务或者急报，在正常通过朝廷文书流程之外，持有密折函的官员可以直接给朱慎锥写密折，写完的密折放在这个密折函中，然后加盖火漆，直接交由锦衣卫渠道进行传递，直抵朱慎锥的手中。
这样的做法可以完全绕开朝廷部门，也就是说拥有了地方官员包括军队指挥官和最高统帅的“专线”，有了这个玩意，不需要再考虑其他因素，也不需要有任何顾虑，想说什么就说什么，想提什么建议就提什么建议，朱慎锥那边在接到密折后也会第一时间回复，以确保双方交流通畅。
这个做法是前所未有的，孙传庭和洪承畴在诧异之余很快就明白了这个制度的好处。如果按照朝廷的规矩，地方和领兵将领要和朝廷交流或者上奏什么，必须依照程序来，一级级程序繁琐，而且还得先通过内阁包括司礼监在内，等他们看过后拿出方案后再递交到朱慎锥的手里。
而密折制度直接打破了这个程序，等于给了他们直达天庭的特权。这样的话他们就无需顾虑内阁和六部的问题，更不需要考虑其他不确定的因素，再加上直接沟通，效率提高的情况下还加强了中央和地方的联系，可以说是一举多得。
虽然洪承畴认为这样做法未免有些坏规矩，可也不得不承认这样做法的好处。而且洪承畴本就是一个大胆的人，马上就明白了密折制度不仅对朱慎锥有好处，对自己来说也是好处多多。
能够直接和朱慎锥搭上线，通过密折沟通，这不比经内阁和六部更合适些么？自己的许多想法和建议可以在密折中提出，而且还能加强在朱慎锥心中的印象，这等好事就算坏了点规矩又如何呢？
非常时期行非常事，这也是很正常的。眼下大明内忧外患，不就是非常时期么？洪承畴喜上眉梢，孙传庭虽有些迟疑，但最终也接受了这个密折制度，并把送来的密折函仔细收了起来，等日后需要使用。
高迎祥押解走后，孙传庭和洪承畴商议后就对俘虏的义军开始了删选，让这些义军相互指认，把躲藏在附录中罪大恶极者包括那些中下级首领一个个全找了出来。
此外，普通义军中双手沾满鲜血，杀过无辜者也挑出了不少，这些人罪证确凿，孙传庭以陕西巡抚的名义，洪承畴是三边总督，他们完全有资格来处置此事。
很快，删选出来的六百多人全部以大罪处死，处刑的当日整个西安城沸腾了起来，一批接着一批被押解至刑场的这些人被砍掉了脑袋，流淌的血汇集成了小溪，看得围观人群，包括从义军俘虏中挑选出来观斩的那些人个个心惊肉跳，脸色惨白。
依靠这个手段极大震慑了地方，包括俘虏的义军，自处死这批人后，义军中再也不敢有人愤愤不平，甚至闹事了。接着三边那边传来消息，土默特那边已派来了使者，洪承畴当时大喜，为避免夜长梦多，他和孙传庭商议后就把俘虏分为六批，每批数千人送往草原，在长城外双方交接，以俘虏换取牛羊马匹等物，双方各得所需，皆大欢喜。
俘虏的交换需要时间，毕竟足足近四万人的交换，哪怕分成六批，每批也有六千多人呢，这么多人可不是挥挥鞭子就能驱赶的牛羊，都是活生生的人，如何安排，又如何带到交换场地，没有计划是根本不行的。
而且土默特那边也是一样，这么多人到手后续的工作很是繁琐，王海的压力也很大。
所以按照计划全部交换完至少要近两个月的时间。暂且不说孙传庭、洪承畴用俘虏和王海交换的过程，就在他们第一次进行交换接触的时候，押解高迎祥的囚车经长途跋涉终于到了京师，等囚车抵达京师的时候，京师百姓得知这居然是押解高迎祥和其部下大将的囚车时瞬间群起沸腾，一个个争先恐后赶来要看一看这个搅得大明翻天覆地的“闯王”，瞧一瞧这个号称天下头号的反贼。